横浜市立大学先端医科学研究センター共同利用?共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」共同利用のお知らせ

2024.08.06

お知らせ
研究

横浜市立大学先端医科学研究センター共同利用?共同研究拠点「マルチオミックスによる遗伝子発现制御の先端的医学共同研究拠点」共同利用のお知らせ

本拠点では共同利用として、学内外の研究者を対象としたシングルセル搁狈础-蝉别辩の受託解析を行います。

受付期间:8月?11月(学外は10月まで)
解析终了后にデータ纳品を行います。

受注件数:各月１件程度(検体数は応相谈)

概要

解析方法: 10X Genomics社Chromiumを用いた3’ mRNA シングルセルRNA-seq解析
対象生物种: ヒト、マウス
受託内容: ライブラリー作成、シーケンス、データ一次解析
シーケンス条件: ?10,000細胞、約20,000リード/細胞
データ一次解析: 10X Genomics社Cell rangerによるゲノムマッピング、遺伝子発現量計算
受付可能な検体: 凍結細胞、または生細胞(学内のみ可)

费用:
【学内】通常価格:645,000円/検体、急ぎ価格:857,000円/検体
※11月受付分は急ぎ価格のみ

【学外】通常価格:760,000円/検体、急ぎ価格:1,006,000円/検体
※10月受付分は急ぎ価格のみ

&苍产蝉辫;纳期の目安:
通常価格:検体受け取り後、約２ヶ月
急ぎ価格:検体受け取り後、約１ヶ月

受付検体の条件

①冻结细胞

?1チューブあたり细胞1×10⁵个以上、融解后の细胞生存率が80%以上で、凝集しないこと。
?1検体あたり3チューブ以上(解析用チューブ、予备チューブ、融解テスト用チューブ)をご提供ください。
?冻结方法は、こちらの「冻结细胞の调製、融解、送付について」をご覧ください。
?申込前に、融解后の细胞生存率および细胞が凝集しないことを必ず确认してください。

②生细胞(横浜市立大学内研究者のみ)

?1検体あたり细胞5×10⁴个以上、细胞生存率が80%以上で、凝集しないこと。
?生细胞の解析を希望される场合は、受注确定后に担当者から日程调整の连络をいたします。
?申込前に、细胞悬浊液调製后の细胞生存率と细胞が凝集しないことを必ず确认してください。

ライブラリー调製、シーケンス

?ライブラリー调製キット : 10X Genomics社Chromium Next GEM Single Cell 3’ Kit v3.1

?シーケンス :イルミナ社 NextSeq 500によるシーケンス、または外注

データ解析?提供

?ソフトウェア: 10X Genomics社

?リファレンス配列: ヒト(GRCh38)、マウス(GRCm39、mm10)
?纳品物: リード情報(FASTQ)、遺伝子発現量データ(Cell rangerデータ)
?データ提供方法: USBメモリ、またはハードディスクにて提供

支払い方法

１) 横浜市立大学内研究者のみ

研究者が所持している研究费から支出することが可能です。
支出に当たっては、各研究费の配分机関および学内の研究费执行ルールに従って、発议を行ってください。

当該執行の可否、各研究費のルール等が不明の際は、研究費執行担当までお问い合わせください。

２) 学外から利用者の方々

受注确定后に见积书をお送りします。その后、解析完了后に纳品书と请求书を発行いたします。

その他の注意事项

?当受託解析は本拠点との共同研究となります。
?ヒトならびにマウス検体ともに、文部科学省の「遗伝子组换え生物等の使用等の规制による生物の多様性の确保に関する法律」(カルタヘナ法)における笔1または笔2レベルの検体に限ります。&苍产蝉辫;

ヒト生体试料の申込について	ヒト生体由来の検体は伦理委员会等で遗伝子解析研究に用いることの承认を受けた上で行うこととし、かつ委託者の责任において匿名化されたものに限らせていただきます。本拠点では、试料を适切に管理した上で解析を行い、本解析内容を超えた利用は行いません。また、解析委託を受けた者以外へ検体?情报の提供や、业务上知り得た情报を、委託を受けた者以外へ提供いたしません。
マウス生体试料の申込について	动物実験委员会での动物実験の承认を受けた上で行うこととします。
事前にお问い合わせが必要なサンプル	感染性や病原性、毒性を有する、またはその可能性のあるサンプルについては解析ができない場合がございます。必ず事前にお问い合わせください。
受注后のキャンセルについて	解析受注後、実作業に入ってからのキャンセルはお受けできません。検体受領後の細胞融解やクオリティチェックで問題が見つかった場合など、検体に問題がある場合にはご連絡いたします。もし解析を取りやめる場合は、実作業分の费用を負担していただきます。またクオリティが十分でない検体のシーケンスを行う場合には、データ量や質が想定値に達しない場合があることを、ご了承ください。その他、解析中に不測の事態が生じた場合にもご連絡いたします。
共同利用の実施について	共同利用の実施は、不虑の事故も含め成功を保証するものではありません。当初に期待した解析结果が得られない场合があることを予めご承知おきください。この场合、研究参画者ご自身の研究费でご负担いただいた経费の补填はできかねますので、ご了承ください。
検体の受け渡し	受注确定后、検体の受け渡しなどについて担当者から连络をいたします。その际に、検体の準备状况についてもお伺いいたします。
支払い	本拠点より请求书を発行いたしますので、支払いをお愿いいたします。料金の支払いは解析データ报告后となるため、科学研究费など研究期间に制限のある予算の场合にはご注意ください。支払い方法によっては、お引き受け出来ない场合もあります。
纳期	検体受け取り後、約１~2ヶ月を予定しています。受注時におおよその纳期をお知らせいたします。また解析が終了次第ご連絡いたします。ライブラリー調製やシーケンスの作業が原因で問題が生じた場合には、無償で再実験をいたしますが、その場合には纳期が遅れる可能性があります。また、解析機器に故障が生じた場合には、纳期が大幅に延長する、あるいは解析を中止させていただく場合があります。
検体?データの保存	ご提供いただいた検体情报や残存検体、ライブラリー调製过程で生成される関连试料、シーケンスデータなどは一定期间保管し、顺次适切に廃弃いたします。返却を希望される场合には、事前にご相谈ください。
成果の発表について	本共同利用による成果を含む学术论文、书籍、学会発表及び讲演等の公知となる印刷物及び电子媒体には、本拠点の受託解析を利用した旨を记载してください。文例は以下を参考にしてください。 (和文) シングルセル搁狈础-蝉别辩解析は横浜市立大学先端医科学研究センターにおける文部科学省共同利用?共同研究システム形成事业词特色ある共同利用?共同研究拠点支援プログラム词闯笔惭齿笔0724020288で行われた。 (英文) The single cell RNA-seq analysis was performed at the Advanced Medical Research Center, 麻豆官网, under the MEXT Promotion of Distinctive Joint Research Center Program (Grant Number JPMXP0724020288).
その他	申込内容に不备、又は虚偽の记载がある场合は、申込をお断りします。

共同利用要纲

こちらもお読みください

解析の申込

の申込フォームにご记入ください。

送信后、担当者から折り返しご连络するとともに、サンプルシートにご记入いただきます。検体情报についての确认などが済み次第、受注となります。

お问い合わせ先

事務担当: 横浜市立大学先端医科学研究センター「共同利用?共同研究拠点」運営事務局
T E L : 045-787-2527
E-mail: kyoudou@yokohama-cu.ac.jp

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