医薬品医疗机器総合机构（笔惭顿础）との连携
2008年、PMDA理事長に初めて臨床医が就任することとなり、新薬や医療機器審査の視点が変わってきました。科学（レギュラトリーサイエンス）を優先しながら、かつ臨床医の現場感覚や、必要度?緊急度などを薬事行政に取り入れ始めたのです。このような背景の元で、PMDAは臨床専門医の豊富な知識と経験が審査に必要となり、大学との連携を求めていました。一方、本学は基礎研究を実用化に活かすトランスレーショナルリサーチ（橋渡し研究）を強化するため、臨床研究?治験の解る臨床医の育成を目指していました。そこで両者の思いが重なり、2010年４月、全国に先駆けて连携大学院を発足させました。今後、医学研究の新しい分野として、本连携大学院を大きく発展させていきます。
理化学研究所との连携
2008年度より、理化学研究所ゲノム医科学研究センターとの连携大学院をスタートしました。骨関節疾患、アレルギー性疾患、内分泌?代謝性疾患、脳疾患、腫瘍性疾患、循環器疾患等に関わる遺伝性因子の探索、全ゲノム遺伝統計解析法、ファーマコゲノミクスなど数々の最先端の研究を理化学研究所で行い、横浜市立大学で学位を取得するプログラムです。
放射线医学総合研究所との连携
横浜国立大学との医工连携
医学研究科では、2008年度より、文部科学省グローバル颁翱贰プログラム「情报通信による医工融合イノベーション创生」に取り组んでいます（拠点校：横浜国立大学、连携机関：オウル大学（フィンランド）?情报通信研究机构）。本取组は、世界最高水準の医工融合研究を行う科学者?エンジニア?医师の育成、また、医学博士と工学博士の２つの学位取得を可能にするダブル?ディグリー制度の确立を目标としています。
国立感染症研究所との连携
国立感染症研究所は、感染症を制圧し、国民の健康医疗の向上を図る予防医学の立场から、広く感染症に関する研究を先导的?独创的かつ総合的に行い、国の保健医疗行政の科学的根拠を明らかにし、また、これを支援することを目的としています。医学研究科と国立感染症研究所は、相互に连携を行うことで、感染症に関する教育研究活动の推进及び医疗活动の充実を図り、もって医疗及び学术の発展に寄与するために、协定を缔结しました。国立感染症研究所の研究者を医学研究科の客员教员として迎え、共同で研究指导、讲义を行っていきます。
神奈川県立こども医疗センターとの连携
医学研究科では、大学院生を小児医疗の现场に即した高度な研究环境で研究を行え、こども医疗センターの医师、研究者を医学研究科の客员教员として迎え、共同で研究指导、讲义を行うことなど、双方が连携することにより活発な人的交流、人材育成、情报交流等を行っていきます。
神奈川県立がんセンター临床研究所との连携
神奈川県立がんセンター临床研究所（以下、临床研究所）は、がん分子病态学、がん生物学、がん治疗学、がん予防?情报学の４つの部からなり、その下部に７つのプロジェクトチームを拥しています。临床研究所では、それらの组织が有机的な连携を保ちながら、がんの基础医学的研究から、その成果が癌の诊断?治疗に直结するトランスレーショナルリサーチ、がんの疫学まで幅広い研究分野に展开しています。医学研究科では、临床研究所の研究者を客员教员として迎え、肿疡病理学の分野において、共同で研究指导、讲义を行うとともに、临床研究所に大学院生を派遣しての研究活动など、交流等を図っていきます。
国立国际医疗研究センターとの连携
公益财団法人がん研究会との连携
公益财団法人がん研究会は、1908年に创立された日本で最も古いがん研究机関です。2005年からは、豊岛区上池袋から江东区有明に移転し、併设されているがん専门病院のがん研有明病院との连携のもとで、基础研究から桥渡し研究、临床研究に至るまで、日本のがん研究の発展に大きな贡献を果たしています。
医学研究科とがん研究会は、がんの基础研究?临床研究の分野における将来のリーダーとなる人材育成を视野に入れ、连携を进めていきます。国立成育医疗研究センターとの连携
横浜市立市民病院との连携
横浜市立脳卒中?神経脊椎センターとの连携
国立研究开発法人国立精神?神経医疗研究センターとの连携
日本の厚生労働省所管の国立研究开発法人で、国立高度専门医疗研究センター（ナショナルセンター）です。
高度専门医疗に関する研究等を行う独立行政法人であり、精神疾患、神経疾患、
筋疾患及び知的障害その他の発达の障害に係る医疗并びに精神保健に関し、调査、研究及び
技术の开発并びにこれらの业务に密接に関连する医疗の提供、技术者の研修等を行うことができる国内有数の机関です。
2018年４月、连携大学院協定を締結し、教育?研究活動のさらなる連携を進めていきます。